- オプション設定画面
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コインを入れ、スタート待ち状態になると、自動的にオプション設定画面になる。
各項目の内容を、｛1/2/3/4/5/1F / 6/7/8/9/10/2F｝を押して（踏んで）選択し、｛1S / 2S｝を押して決定・ゲームスタートする。
- ゲーム中に「簡易オプション変更メニュー」
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曲選択画面で｛1S / 2S｝を押すと、画面中央に「簡易オプション変更メニュー」が出現する。
各項目の内容を、｛1T / 2T｝で選択し、｛1/3/5 / 6/8/10｝で決定する。
一番上の項目から順番に選択・決定する方式になっていて、一番下の項目を決定するとメニューが閉じる。
- バトルプレイ・センタープレイ
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オプション設定画面で、｛1 / 6｝を押すと、
その回数に応じて、画面中央の「BATTLE」と「CENTER」の字の色（灰色）が変化する。
「BATTLE」を赤にすれば、バトルプレイを設定する。
「CENTER」を赤にすれば、センタープレイを設定する。
希望するものを設定して、｛1S / 2S｝を押してスタートする。
２人プレイに必要な分のクレジットが足りているか、または、ダブルプレイが設定されているか、どちらも条件を満たしていない場合は、スタート後に無視される。
- ダブルプレイ
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オプション設定画面で、｛3 / 8｝を押すと、
その回数に応じて、画面中央の「DOUBLE」の字の色（灰色）が変化する。
「DOUBLE」を赤にすれば、ダブルプレイを設定する。
これを設定して、｛1S / 2S｝を押してスタートする。
- １クレジットダブルプレイ
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１人プレイに必要な分しかクレジットが足りていない場合、１クレジットダブルプレイになる。
- ２クレジットダブルプレイ
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２人プレイに必要な分のクレジットが足りている場合、２クレジットダブルプレイになる。
- ヒドゥンプレイ・サドゥンプレイ・ステルスプレイ
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オプション設定画面で、｛5 / 10｝を押すと、
その回数に応じて、画面中央の「HIDDEN」と「SUDDEN」の字の色（灰色）が変化する。
「HIDDEN」を赤にすれば、ヒドゥンプレイを設定する。
「SUDDEN」を赤にすれば、サドゥンプレイを設定する。
両方とも赤にすれば、ステルスプレイを設定する。
希望するものを設定して、｛1S / 2S｝を押してスタートする。
または、簡易オプション変更メニューの、「HID/SUD」で選択・決定する。
- ミラープレイ・ランダムプレイ
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オプション設定画面で、｛2 / 7｝を押すと、
その回数に応じて、画面中央の「MIRROR」と「RANDOM」の字の色（灰色）が変化する。
「MIRROR」を赤にすれば、ミラープレイを設定する。
「RANDOM」を赤にすれば、ランダムプレイを設定する。
希望するものを設定して、｛1S / 2S｝を押してスタートする。
または、簡易オプション変更メニューの、「MIR/RAN」で選択・決定する。
- ハイスピードプレイ
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オプション設定画面で、｛4 / 9｝を押すと、
その回数に応じて、画面中央の「HISPEED 1 2 3」の字の色（灰色）が変化する。
「HISPEED 1」を赤にすれば、ハイスピードプレイ（１．３倍速）を設定する。
「HISPEED 2」を赤にすれば、ハイスピードプレイ（２倍速）を設定する。
「HISPEED 3」を赤にすれば、ハイスピードプレイ（４倍速）を設定する。
希望するものを設定して、｛1S / 2S｝を押してスタートする。
または、簡易オプション変更メニューの、「HI-SPEED」で選択・決定する。
- ファストプレイ・スロウプレイ
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「簡易オプション変更メニュー」の、「FAST」で選択・決定する。
「FAST 1」＝ １．２５倍速演奏 ( P1 = 20 , P2 = 90 ) (カッコの意味は後述)
「FAST 2」＝ １．６倍速演奏 ( P1 = 10 , P2 = 90 )
「FAST 3」＝ ２倍速演奏 ( P1 = 0 , P2 = 90 )
「SLOW」＝ ０．８倍速演奏 ( P1 = 80 , P2 = 90 )
できない曲は、曲名の周りの色が灰色に変化する。
上記の楽譜リストの、できる曲＝▲、できない曲＝△、を参照。
tsunagiモードではできない。
０．８倍速にした場合、FDデータはプレイ回数だけしか更新されない。
１．２５倍速〜２倍速にした場合、背景のアニメーションがファストプレイ専用（全曲共通）のものになる。
これを使うと自動的にエフェクタ「PITCH SHIFTER」が使用される。
曲中にエフェクタの選択やオンオフの切り替えは通常通り可能。
上の箇条書きのカッコの数字の意味は、この「PITCH SHIFTER」に自動でセットされるパラメータ。
- フットプレイ
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「簡易オプション変更メニュー」の、「FOOT PLAY」で選択・決定する。
選択したボタンのラインが、ペダルのラインに置き換わる。
[foot ver.]の曲では無視される。
ダブルプレイ中は、｛1/2/3/4/5｝は｛1F｝と、｛6/7/8/9/10｝は｛2F｝と、置き換わる。
２Ｐダブルプレイ中は、｛1/2/3/4/5｝の中から１つと｛6/7/8/9/10｝の中から１つを別々に、合わせて最大で２つ置き換えられる。
１Ｐダブルプレイ中は、｛1/2/3/4/5/6/7/8/9/10｝の中から１つしか置き換えられない。
（１Ｐダブルプレイは、あくまでも１人でプレイするのを前提にしているので、１人では両方のペダルを踏むのは不可能と考えた上での制限だと思われる。）
センタープレイ中は、｛1F / 2F｝のどちらを踏んでもよい。
フットプレイ中は、エフェクト操作は｛1S / 2S｝で行う。
tsunagiモードではできない。
１Ｐダブルプレイで｛6/7/8/9/10｝を置き換えた場合、FDデータにフットプレイクリアは記録されない。
FDデータには、どのボタンを置き換えてクリアできたのかが記録されるが、ゲーム機のアイコンとFD内の「*.txt」には、クリアできたボタンが複数あっても、最も左側の１個のボタンだけしか表示されない。
なお、クリア情報は正しく記憶されているので、新作（「beatmaniaIII THE FINAL」）にデータを継承する時には、正しく、クリアできたボタンが継承される。